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Introdução à Programação para Bioinformática com Perl

Nota do autor

Este conteúdo faz parte do livro “Introdução à Programação para Bioinformática com Perl“. Você pode adquirir a versão impressa desse livro aqui ou a versão para Kindle aqui. Para nos citar, consulte este link.

Olá mundo! Mais uma vez retornamos à série “Introdução à Programação para Bioinformática”. Este é o segundo livro dos trêsque serão publicados. Desta vez, abordaremos Perl, uma linguagem com uma sintaxe simples, mas que permite a construção de códigos capazes de lidar com imensas quantidades de dados.

Este livro adota uma linguagem coloquial. Mais uma vez peço desculpas se em certos pontos lhe parecer exagerada, entretanto garantimos que isso foi feito a fim de buscar uma maior interação com nossos leitores.

Gostaria de agradecer a todos que enviaram feedback sobre o livro “Introdução a programação para Bioinformática com Biopython”, em especial a Marcos Castro, que gentilmente nos informou da necessidade de instalação da biblioteca numpy para execução do módulo Bio.PDB.

Reitero que todos os scripts apresentados neste livro foram testados nos sistemas operacionais Windows 10, Linux Ubuntu 12.04 e MacOS X 10.4. Entretanto, falhas estão sujeitas a acontecer, como as detectadas no primeiro livro da série. Em nossos testes utilizamos Perl v5 e o BioPerl v1.6. Caso obtenha problemas ao executar qualquer script, procure utilizar tais versões.

Boa leitura!

Diego Mariano

@diiegomariano

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Nota do autor
Prefácio

Capítulo 1
Introdução ao Perl

Capítulo 2
Comandos condicionais

Capítulo 3
Strings

Capítulo 4
Arrays

Capítulo 5
Laços de repetição

Capítulo 6
Manipulando arquivos

Capítulo 7
Sub-rotinas

Capítulo 8
“O guia de sobrevivência para expressões regulares em Perl”

Capítulo 9
Introdução ao BioPerl

Capítulo 10
Sequências

Capítulo 11
BLAST

Capítulo 12
Estruturas de proteínas

Capítulo 13
Hierarquia do BioPerl

Epílogo
Referências bibliográficas
Sobre os autores

Por favor, nos cite:

MARIANO, DIEGO CÉSAR BATISTA; de MELO-MINARDI, R. C. . Introdução à Programação para Bioinformática com Perl. 1. ed. North Charleston, SC (EUA): CreateSpace Independent Publishing Platform, 2016. v. 2. 200p .

Por Diego Mariano

Doutor em Bioinformática pela Universidade Federal de Minas Gerais com atuação na área de ciência de dados e aprendizado de máquina aplicados ao aperfeiçoamento de enzimas usadas na produção de biocombustíveis. Mestre em Bioinformática, também pela UFMG, atuando na área de desenvolvimento de sistemas Web para montagem de genomas. Atualmente realiza estágio pós-doutoral no Departamento de Ciência da Computação da UFMG com foco em desenvolvimento de sistemas Web para Bioinformática, análise exploratória e visualização de dados. Tem conhecimentos nas linguagens: PHP, JavaScript, Python, R, Perl, HTML, CSS e SQL.