Categorias
Introdução à Programação para Bioinformática com Perl

Introdução ao Perl

Capítulo 1

Este conteúdo faz parte do livro “Introdução à Programação para Bioinformática com Perl“. Você pode adquirir a versão impressa desse livro aqui ou a versão para Kindle aqui. Para nos citar, consulte este link.

Perl é uma linguagem de programação de alto nível, gratuita, bastante utilizada em aplicações CGI para web, de tipagem dinâmica, estruturada, com suporte a orientação a objetos, multi-plataforma, que foi desenvolvida principalmente para manipulação de strings.

Perl apresenta recursos que facilitam a manipulação de textos, o que faz dela uma linguagem ideal para o desenvolvimento rápido de scripts e para realização de diversas tarefas. Perl deriva-se da linguagem de programação C, além de outras linguagens como sed, awk e shell script. Além disso, Perl influenciou outras linguagens, como PHP, Ruby, JavaScript e Python.

Perl é uma linguagem com baixa curva de aprendizado, que a tornou bastante popular para desenvolvedores web, administradores de sistema e bioinformatas.

O uso de um camelo como símbolo do Perl foi popularizado pela editora O’Reilly. Página oficial do Perl: https://www.perl.org. Fonte: adaptado de Linux Screenshots (CC BY 2.0).

História

Perl foi desenvolvida por Larry Wall em 1987. Larry, que tivera sido um linguista anos antes, criou Perl com o objetivo de desenvolver uma linguagem de programação que soasse “natural”.

Larry trabalhou em projetos secretos para a NSA (National Security Agency, a Agência de Segurança Nacional dos Estados Unidos). Mais tarde, quando gerenciava a configuração de um link entre redes encriptadas, Larry teve que lidar com uma grande quantidade de dados textuais com informações que não faziam muito sentido. Assim, Larry desenvolveu uma linguagem capaz de “navegar” por esses arquivos, encontrar informações úteis e produzir relatórios.

“Somente quando eu comecei a trabalhar na linguagem Perl me dei conta da existência de muitos princípios que fazem uma língua soar natural, e alguns desses princípios podem ser ensinados para os computadores sem os enlouquecer”.

Trechos ditos pelo próprio Larry Wall extraídos de uma entrevis-ta publicada no livro “Conceitos de Linguagens de Programação” (Sebesta, 2009).

Por que o símbolo do Perl é um camelo?

A editora O’Reilly, famosa por publicar livros sobre linguagens de programação, costuma selecionar animais para a capa de seus livros. Para publicação do primeiro livro sobre Perl, o camelo foi escolhido. Questionado sobre esse fato, Larry Wall afirmou ser uma ótima escolha. Nas palavras de Larry, Perl era como o camelo, feio e lento, mas apenas com alguns goles d’água o camelo pode atravessar todo um deserto.

Como Perl funciona?

Alguns autores definem que Perl não é uma linguagem nem compilada e nem interpretada, apresentando um método de funcionamento um pouco particular. Perl age como uma linguagem interpretada, mas que compila os dados. Entretanto, diferente das linguagens compiladas, Perl mantém os dados armazenados na memória e não gravados separadamente em um executável, o que permite uma execução eficiente.

Programas em Perl podem ser escritos através de scripts. Scripts podem ser compreendidos como arquivos de texto com instruções na linguagem. Assim, o interpretador/compilador “perl” irá ler, converter o código em linguagem de máquina e enviá-lo para que o processador possa executá-lo. Para criar programas em Perl você não precisa necessariamente escrevê-los em scripts. É possível utilizar comandos diretamente por linha de comando, entretanto isso não será focado neste livro.

O que é o CPAN?

Assim como outras linguagens, Perl permite o uso de códigos construídos por outros usuários, chamados de módulos. Os módulos contêm conjuntos de sub-rotinas com diversas funcionalidades, o que permite que o programador tenha acesso a diversas funcionalidades desenvolvidas anteriormente.

CPAN (Comprehensive Perl Archive Network, ou na tradução para o português “Rede de Repositórios Perl”) é um repositório onde estão armazenados módulos de software em Perl e suas respectivas documentações. O CPAN ainda possui um programa que permite a instalação automática e simples de módulos para o Perl.

O CPAN está disponível em: <http://www.cpan.org/>.

Instalando Perl

Linux e MacOS:

Nos sistemas operacionais Linux ou MacOS, em geral, Perl vem instalado por padrão. Para utilizá-lo, abra o terminal e execute o comando “perl” seguido pelo nome de um script ou de um comando simples em Perl. Caso obtenha qualquer problema, a última versão do Perl pode ser obtida em: <https://www.perl.org/get.html>.

Windows:

O site oficial recomenda a instalação Perl recomenda o uso do editor/IDE Padre. Abaixo faremos a instalação passo-a-passo do Perl no Windows 7:

1. Antes de fazer a instalação verifique se Perl não está instalado em sua máquina:

a. Clique no menu iniciar, busque por “cmd” e clique no programa “cmd.exe”.

b. Na tela do prompt de comando digite: “perl –v”. Se obtiver como resposta uma mensagem informando que “perl” não é reconhecido, Perl não está instalado.

2. Faça o download da última versão da IDE Padre, que pode ser obtida em <http://padre.perlide.org/>.

3. Abra o arquivo de instalação baixado (padre-on-strawberry-VERSÃO.exe) e autorize que o arquivo possa fazer alterações no computador.

4. Nos próximos passos faremos a instalação da IDE Padre e o Strawberry Perl para Windows. Clique no botão “Next” para seguir para próxima tela.

5. Selecione um diretório a qual será feita a instalação. Recomendamos manter o endereço indicado pelo instalador, entretanto caso seja necessário altere o local clicando em “Browse…”. Clique em “Next”.

6. Defina o nome do atalho que será salvo no menu iniciar. Clique em “Next”.

7. Agora clique no botão “Install” para iniciar a instalação.

8. Se você obteve a tela exibida abaixo, sua instalação foi concluída com sucesso. Clique no botão “Finish”.

9. Reinicie seu computador.

10. Abra mais uma vez, o prompt de comando CMD, e mais uma vez digite “perl –v”. Se não houve nenhum problema, você verá uma mensagem indicando qual a versão do Perl está instalada na máquina.

11. Para executar qualquer script em Perl, abra o CMD e digite perl seguido do nome do script.

Método alternativo para Windows

Você pode ainda optar por instalar o ActivePerl. O ActivePerl possui um gerenciador de pacotes que fornece uma interface gráfica e facilita a instalação de novos módulos, como o BioPerl.

Para realizar a instalação, faça o download da última versão em <http://www.activestate.com/activeperl> e instale.

Hello World, Perl!

Agora, vamos criar nosso primeiro script na linguagem Perl. Usando um editor de códigos crie um novo arquivo em branco. Caso tenha optado pelo Sublime Text, no menu View, vá até a opção Syntax e altere para Perl. Digite:

print "Hello world!\n";

Salve o arquivo com o título “hello.pl” na área de trabalho (desktop ou mesa). Evite inserir espaços ou caracteres especiais no título do arquivo, assim é recomendável substituir espaços pelo caractere underline “_”. A terminação de um arquivo de script em Perl deve ser “.pl”.

Agora vamos executar o script: vá até o terminal (Linux/MacOS) ou o prompt de comando (Windows). Navegue até a pasta onde está o script (se não sabe como fazer isso, confira as dicas logo abaixo).

Dicas (navegando em pastas pelo terminal/prompt):

1. Para entrar em uma pasta utilize o comando “cd nome_da_pasta”.

2. Para voltar à pasta anterior utilize “cd ..”.

3. Utilize o comando “pwd” para saber em que pasta está.

4. Utilize o comando “ls” (Linux/MacOS) ou “dir” (Windows) para listar todos os arquivos e pastas presentes no diretório atual.

5. Exemplo:

a. se está usando Windows, abra o prompt pelo menu iniciar (digite “cmd”);

b. o prompt será executado na raiz do usuário (confira digitando pwd e pressionando enter: será exibido algo como “/users/nome_usuario” ou “C:/users/nome_usuario”);

c. agora digite cd Desktop (ou cd Área de trabalho) e depois enter;

d. digite ls (Linux/MacOS) ou dir (Windows) e confira se o arquivo “hello.pl” está presente no diretório.

Agora, execute o script no terminal com o comando:

perl hello.pl

Será exibida em sua tela a seguinte mensagem:

Hello World!

PARABÉNS! Você acaba de criar o seu primeiro programa em Perl! Você utilizou o comando print para imprimir as informações contidas entre aspas. Observe que ao final da frase, ainda dentro das aspas, existem dois caracteres que não são impressos: “\n”. A expressão “\n” indica que uma quebra de linha deverá ser impressa. Por fim, linhas de comando em Perl devem ser encerradas com um ponto e vírgula.

Comentários

Comentários são trechos de códigos que não serão lidos, ou seja, regiões de comentários serão ignoradas na hora da execução. Eles são extremamente importantes para organização e documentação do código, ou seja, servem para explicar a função de um determinado trecho de código e para passar diversos tipos de informações, caso outros programadores precisem alterar seu código, ou até mesmo você no futuro.

Em Perl, linhas comentadas iniciam com o caractere “#”.

Abra o arquivo “hello.pl” e vamos editá-lo:

# Imprime a frase ‘Hello world!’
print "Hello world!\n";
 
# Fim do programa

Comentários também podem ser utilizados de maneira funcional, por exemplo, para indicar, em sistemas operacionais UNIX, onde está localizado o interpretador/compilador utilizado.

#!/usr/bin/perl -w 

No exemplo acima, os caracteres “#!” foram utilizados para indicar o endereço do interpretador Perl. Por exemplo, em um sistema Linux, se o endereço do interpretador estiver correto, o código acima pode ser executado com os comandos “./nome_do_script.pl” ao invés de “perl nome_do_script.pl”. Entretanto, talvez seja necessário dar permissões de execução para o script. Para isso, execute no terminal o comando “chmod +x nome_do_script.pl”. Lembre-se de conferir se está no mesmo diretório do script. O parâmetro –w permite que o interpretador avise sobre possíveis erros e sequências duvidosas.

Em geral, o uso de comentários funcionais é opcional, logo não os utilizaremos nos exemplos apresentados neste livro. Deixamos a cargo de vocês decidir utilizá-los ou não.

Lembre-se: comentários facilitam na legibilidade do código. Bons programadores sempre comentam seus códigos.

Variáveis e tipos de dados

Variáveis são estruturas que permitem o armazenamento de dados na memória. Pense em uma variável como se fosse uma caixa em que se pode guardar uma determinada informação e que poderá ser utilizada a qualquer momento. Por exemplo, no seu primeiro programa você utilizou a função print para imprimir a frase “Hello world!”, entretanto você foi obrigado a inserir a frase na mesma linha do comando. E se por algum motivo aquela informação fosse inserida antes do comando print? Vamos editar mais uma vez o nosso programa para que a frase fique armazenada em uma variável chamada “$frase.

# Minha primeira variavel
my $frase;
$frase = "Hello world!\n";
# Imprime a variavel frase
print $frase;
# Fim do programa

Em Perl, variáveis devem ser declaradas através do comando “my $nome_da_variavel”. Toda variável deve ter seu nome iniciado com o caractere $.

O nome da variável deve ser escolhido de acordo com o programador, entretanto recomenda-se que o nome tenha alguma relação com o tipo de dados contido nela. Nomes de variáveis também são case sensitive, ou seja, uma variável chamada “$frase” é diferente de uma variável chamada “$Frase” ou “$FRASE”. Além disso, nomes de variáveis não podem conter caracteres especiais, não devem conter espaços (caso necessário utilize underline “_”) e não pode começar com um número.

Seria possível criar a variável apenas digitando o nome dela, seguido do operador de atribuição “=”. E em seguida, imprimi-la com o comando print seguido do nome da variável sem o uso de aspas. Apesar de ser fortemente recomendado, a declaração da variável com o comando “my” é opcional.

Variáveis em Perl são escaláveis, ou seja, podem conter quaisquer tipos de dados, e podem ser facilmente alteradas sem que isso cause qualquer problema na execução do código.

Variáveis podem ter diversos tipos, dentre os mais comuns destacam-se variáveis textuais que armazenam sequências de caracteres (strings), números inteiros (int) e números flutuantes (float).

Tipo de variávelCaracterísticaExemplo de declaração
stringRepresentam cadeias de caracteres. Devem ser declarados sempre entre aspas simples ou duplas.$variavel = “Isto eh uma string”;
intTipo de variável que representa nú-meros inteiros.$variavel = 1;
floatVariável que permite números decimais.$variavel = 1.993;

Note que se declararmos uma variável como igual a “1” ($variavel = “1”), essa seria uma variável do tipo string. Enquanto uma variável declarada como: $variavel = 1, seria uma variável do tipo int. E uma variável declarada como: $variavel = 1.00, seria uma variável do tipo float.

Além disso, existem tipos de variáveis que poder armazenar em listas grandes quantidades e diferentes tipos de dados: os arrays e as hashes. Veremos nos capítulos posteriores como essas estruturas de dados funcionam.

Indentação de código

Blocos são estruturas que delimitam conjuntos de instruções. Recomenda-se que comandos presentes em blocos devam ser indentados, ou seja, organizados por um espaçamento no início da linha, em geral, dado pela tecla tab (ou por uma série de espaços).

Observe abaixo um exemplo de como um código deve ser indentado. Neste exemplo, uma sub-rotina que recebe parâmetros e executa comandos é declarada. Nos próximos capítulos explicaremos detalhadamente o que são sub-rotinas e parâmetros. Observe que os parâmetros são declarados na sub-rotina dentro de parênteses. Em seguida, o bloco é declarado através de chaves. Tudo que estiver entre a abertura ({) e o fechamento das chaves (}) pertencerá ao bloco. Observe o espaçamento inserido antes da declaração dos comandos. Esse espaçamento auxilia na identificação de que os comandos estão vinculados ao bloco.

Sub-rotina (parâmetro){
  Comando1;
  Comando2;
}

Diferente de Python, em Perl a indentação do código não define como ele será executado. Assim, podemos afirmar que Perl não requer obrigatoriamente que o código esteja indentado para ser executado. A indentação é utilizada apenas para organização do código. Entretanto, indentá-lo é uma boa prática de programação.

Sub-rotina (parâmetro){ Comando1; Comando2; }

O bloco acima funcionaria da mesma forma que exemplo anterior. Entretanto, escrever um código dessa forma fere as metodologias de boas práticas de programação. Recomendamos profundamente que você não faça isso!

Operações matemáticas

Operações matemáticas através da linguagem Perl podem ser realizadas de maneira simples, utilizando operadores aritméticos, como por exemplo:

  • soma (+);
  • subtração (-);
  • multiplicação (*);
  • divisão (/);
  • módulo (%);
  • potenciação (**);

Perl apresenta quase todos os mesmos operadores aritméticos presentes na linguagem C. No exemplo abaixo, vamos realizar uma operação de soma. Para esse exemplo, crie um novo arquivo chamado soma.pl.

my $A;
my $B;
my $SOMA;

# Realizando uma soma com Perl
# Recebe o primeiro numero
$A = 2;
 
# Recebe o segundo numero
$B = 3;
 
# Realiza a soma
$SOMA = $A + $B;
 
# Exibe resultado na tela
print $A;
print "+";
print $B;
print "=";
print $SOMA;

Nesse exemplo, recebemos duas variáveis: uma chamada $A e outra chamada $B. Em seguida criamos uma terceira variável que recebe a soma de $A e $B. Por fim, exibimos o resultado na tela. Note a diferença em se utilizar o comando print para imprimir variáveis e strings. Não há problema em utilizá-lo várias vezes seguidas, entretanto em breve aprenderemos um modo mais prático para se exibir resultados.

Além desse método é possível inserir os valores numéricos diretamente na variável $SOMA, assim:

$SOMA = 2 + 3;

Da mesma forma, é possível efetuar outras operações matemáticas como: subtração, divisão e multiplicação. É possível também intercalar operações matemáticas e isolá-las utilizando parênteses. Veja:

my $OPERACAO;

# Subtracao: 5 menos 3, igual a 2
$OPERACAO = 5 - 3;
print $OPERACAO."\n";
 
# Multiplicacao: 2 vezes 3, igual a 6
$OPERACAO = 2 * 3;
print $OPERACAO."\n";
 
# Divisao: 4 dividido por 2, igual a 2
$OPERACAO = 4 / 2;
print $OPERACAO."\n";
 
# Expressao: 5 menos 3, vezes 2 vezes 3, dividido por 
# 4 dividido por 2, o resultado sera 6
$OPERACAO = (5 - 3) * (2 * 3) / (4 / 2);
print $OPERACAO."\n";

Observe que no exemplo apresentado, a variável $OPERACAO armazenará diferentes valores. Isso ocorre porque a variável utilizada em todas as operações tem o mesmo nome. Logo, ao final de cada operação matemática, o resultado obtido substitui o resultado anterior armazenado em $OPERACAO.

Perl permite ainda que você faça conversões de tipos numéricos. Por exemplo, se você tem uma variável do tipo float é possível convertê-la para o tipo int:

my $valor_pi = 3.14;

# arredondando pi
my $valor_pi_arredondado = int($valor_pi);

print $valor_pi_arredondado; # 3

O mesmo é válido caso queira converter uma variável do tipo int para float (utilize a função float($variavel)). Ou até mesmo para converter um valor numérico em string (utilize a função str($variavel)).

Determinando se um número é par ou ímpar

Pode parecer estranho, mas em programação é extremamente relevante em alguns casos determinar se um número é par ou ímpar. Para isso é possível utilizar o operador módulo (%). O operador módulo determina o resto de uma divisão. Assim, para descobrir se um número é par ou ímpar pode-se aplicar o módulo por dois. Veja:

my $num = 10;
my $resto = num % 2; 
print $resto; #0

O resto da divisão de 10 por 2 é zero, logo a variável $num armazena um número par. Se $num fosse igual a 11, o resto da divisão por 2 seria 1, e assim, seria possível descobrir que o número é impar.

Incrementação e decrementação

Perl permite a incrementação e decrementação de variáveis numéricas através dos operadores “++” e “–“.

++$A;        # Soma um a $A e depois retorna o valor  
$A++;        # Retorna o valor de $A e depois soma um 
--$A;        # Diminui um de $A e depois retorna valor
$A--;        # Retorna o valor de $A e depois diminui um 

Operações de incrementação permitem que uma dada variável numérica tenha seu valor aumentado em um número, enquanto nas operações de decrementação há a subtração de um número.

my $num = 10;

print ++$num."\n"; # sera impresso 11
print --$num."\n"; # sera impresso 10
print $num++."\n"; # sera impresso 10
print $num--."\n"; # sera impresso 11

É possível também incrementar ou decrementar uma variável em dois ou mais valores.

my $num = 10;
$num += 2; 
print $num."\n"; # sera impresso 12
$num -= 2; 
print $num."\n"; # sera impresso 10

Operações de incrementação e decrementação são importantes para gerenciamento de contadores. Aprenderemos mais sobre isso nos próximos capítulos.

Resumo de operações matemáticas
$A = 2 + 2;    # Realiza uma soma e armazena o resultado (4) em $A 

$A = 10 – 4;    # Realiza subtração e armazena o resultado (6) em $A 

$A = 7 * 8;    # Realiza multiplicação e grava o resultado (56) em $A 

$A = 10 / 2;    # Realiza divisão e grava o resultado (5) em $A 

$A = 2 ** 3;    # Eleva dois ao cubo e armazena o resultado (8) em $A

$A = 7 % 2;    # Divide 7 por 2 e armazena o resto (1) em $A 

Recebendo valores digitados pelo usuário (input de dados)

Já aprendemos a fazer operações matemáticas, entretanto da forma que foi apresentado, os valores numéricos precisaram ser inseridos diretamente no código fonte de nosso programa. Perl, assim como outras linguagens de programação, permite que o usuário interaja com o programa, enviando dados durante a execução sem a necessidade de visualizar o código fonte. Para fazer isso podemos utilizar o comando STDIN. Vamos testar esse comando utilizando o exemplo de números pares e ímpares:

# Recebe um numero digitado pelo usuario
print "Digite um numero: ";
my $num = <STDIN>;
my $resto = $num % 2;
print "Seu numero eh: ";
print $num;
print "\nO resto da divisão por 2 eh: ";
print $resto."\n";

Observe que STDIN está entre os sinais de maior e menor “< >”. Em Perl, esses sinais são conhecidos como operadores diamante, e são responsáveis por indicar que o script deve receber dados naquele ponto.

Ao digitar um valor deve-se pressionar a tecla ENTER para que o programa receba a entrada do usuário e prossiga sua execução. Contudo, Perl registra a tecla ENTER digitada como uma quebra de linha e insere o caractere especial “\n” ao final.

Para solucionar esse problema foi criada a função chomp. A função chomp remove o caractere especial “\n” se esse estiver no final dos dados inseridos na entrada.

# Funcao chomp
print "Digite seu nome: ";
my $nome = <STDIN>;
	
print "Ola $nome, tudo bem com voce?";
# Sera impresso "Ola nome_digitado
# , tudo bem com voce?"

# Corrigindo o problema
chomp($nome);
print "\nOla $nome, tudo bem com voce?\n";
# Sera impresso "Ola nome_digitado, tudo bem com voce? "

Comando use

O comando use permite o carregamento de módulos para Perl. Módulos armazenam conjuntos de códigos que permitem a realização de diversas tarefas.

Perl também fornece meios para alterar seu comportamento padrão, como por exemplo através do carregamento dos chamados pragmas. Por exemplo, os comandos “use scrict” e “use warnings” permitem o carregamento e ativação desses pragmas, que por sua vez permitirão a captura de erros em seu código, que poderão ajudá-lo a preveni-los. Enquanto um problema capturado por “use strict” fará com que seu programa seja imediatamente interrompido, o comando “use warnings” enviará avisos ao usuário e o código continuará sendo executado. Recomendamos o uso desses comandos ao início de cada script.

use strict;
use warnings;

Operadores relacionais e lógicos

Até o momento aprendemos sobre operadores matemáticos, entretanto existem diversos outros tipos de operadores, como por exemplo, os operadores relacionais e lógicos.

Operadores relacionais são utilizados para comparações. Em comandos condicionais podem ser utilizados para detectar se uma determinada condição é verdadeira ou não.

OperadorSignificado
==Verifica se uma variável numérica é igual a outra.
>Verifica se uma variável numérica é maior que outra.
<Verifica se uma variável numérica é menor que outra.
>=Verifica se uma variável numérica é maior ou igual a outra.
<=Verifica se uma variável numérica é menor ou igual a outra.
!=Verifica se uma variável numérica é diferente de outra.
<=>Realiza comparação numérica.
cmpPermite diversos tipos de comparações entre strings. Retorna um numeral inteiro: -1 para strings menores, 0 para strings iguais e 1 para strings maiores. Observe que quando dizemos que uma string é maior ou menor que outra estamos falando na posição em que são listadas caso sejam ordenadas alfabeticamente. Na verdade a ordenação é dada pelo código ASCII, mas falaremos disso mais tarde.
eqVerifica se uma variável textual (string) é igual a outra.
neVerifica se uma variável textual (string) é diferente de outra.
ltVerifica se a ordenação de uma variável textual (string) é inferior a outra.
gtVerifica se a ordenação de uma variável textual (string) é superior a outra.
leVerifica se a ordenação de uma variável textual (string) é inferior ou igual a outra.
geVerifica se a ordenação de uma variável textual (string) é superior ou igual a outra.
.Operador de concatenação de strings.
=~Busca padrões em strings. Veremos mais no capítulo sobre expressões regulares.
!~Similar a “=~”, entretanto verifica se o padrão não for encontrado.
=Operador de atribuição. Válido para dados de quaisquer tipos.
Operadores relacionais

Diferente de outras linguagens, Perl diferencia operadores de comparações numéricas de operadores de comparações entre textos (strings). Perl foi desenvolvida para processar grandes quantidades de texto. Veremos nos próximos capítulos como processar strings e buscar padrões com expressões regulares.

Observe que o operador “=” não é um operador relacional e sim um operador de atribuição, entretanto foi inserido nessa lista para compará-lo com o operador “==” (igual a).

Operadores lógicos podem ser utilizados para testar duas ou mais condições ao mesmo tempo.

and &&Conector “e”: valida se duas condições são verdadeiras.
or||Conector “ou”: valida se pelo menos uma das condições é verdadeira.
!Equivalente a “não”. Válida se é falso.
Operadores lógicos

O operador and executa o bloco condicional se as duas condições são verdadeiras, enquanto o operador or executa o bloco condicional se pelo menos uma das operações for verdadeira. Compreenderemos melhor a importância dos operadores lógicos e relacionais no próximo capítulo: “comandos condicionais”.

Quer aprender mais? Conheça nossos cursos profissionalizantes à partir de R$19,99:

Nota do autor
Prefácio

Capítulo 1
Introdução ao Perl

Capítulo 2
Comandos condicionais

Capítulo 3
Strings

Capítulo 4
Arrays

Capítulo 5
Laços de repetição

Capítulo 6
Manipulando arquivos

Capítulo 7
Sub-rotinas

Capítulo 8
“O guia de sobrevivência para expressões regulares em Perl”

Capítulo 9
Introdução ao BioPerl

Capítulo 10
Sequências

Capítulo 11
BLAST

Capítulo 12
Estruturas de proteínas

Capítulo 13
Hierarquia do BioPerl

Epílogo
Referências bibliográficas
Sobre os autores

Por favor, nos cite:

MARIANO, DIEGO CÉSAR BATISTA; de MELO-MINARDI, R. C. . Introdução à Programação para Bioinformática com Perl. 1. ed. North Charleston, SC (EUA): CreateSpace Independent Publishing Platform, 2016. v. 2. 200p .

Por Diego Mariano

Doutor em Bioinformática pela Universidade Federal de Minas Gerais com atuação na área de ciência de dados e aprendizado de máquina aplicados ao aperfeiçoamento de enzimas usadas na produção de biocombustíveis. Mestre em Bioinformática, também pela UFMG, atuando na área de desenvolvimento de sistemas Web para montagem de genomas. Atualmente realiza estágio pós-doutoral no Departamento de Ciência da Computação da UFMG com foco em desenvolvimento de sistemas Web para Bioinformática, análise exploratória e visualização de dados. Tem conhecimentos nas linguagens: PHP, JavaScript, Python, R, Perl, HTML, CSS e SQL.