Tutorial ChimeraX

UCSF ChimeraX é um software de visualização e análise estrutural de biomoléculas desenvolvido pela equipe da University of California. Ele é um software gratuito com suporte multiplataforma que pode ser adquirido em https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/index.html.

Neste tutorial, você aprenderá alguns dos comandos básicos do ChimeraX.

Carregando uma estrutura

Para carregar uma estrutura, você pode usar o comando open.

open 2lzm

Observe que a estrutura da lisozima 2lzm é carregada na área principal da interface. No lado direito, é exibido um painel de log com informações sobre os comandos executados e mensagens do sistema. Logo abaixo, encontra-se a lista de modelos atualmente carregados.

Clique no checkbox abaixo do olho para ocultar ou exibir a interface. Para selecioná-la, clique no checkbox ao lado.

Utilize o menu superior para alterar o estilo da visualização:

Excluir a estrutura

Você pode excluir a estrutura usando o comando close. Entretanto, para fechar a estrutura, precisamos do seu ID. Você pode consultar isso no painel de models:

Opcionalmente, você pode usar o comando info models:

Agora que sabemos o ID, podemos excluí-lo com o comando:

close #1

Observe que a estrutura foi excluída:

Alinhando estruturas

Agora, vamos abrir duas estruturas e alinhá-las. Vamos começar carregando as duas estruturas:

open 2lzm
open 1lyz

Agora vamos usar o comando MatchMaker (mm) para alinhar sequências, identificar resíduos equivalentes e fazer superposição estrutural.

No terminal de linhas de comandos execute:

mm #2 to #1

Caso você deseje ver o alinhamento, execute o comando:

mm #2 to #1 showAlignment true

Para consultar o RMSD do alinhamento, habilite a opção verbose da seguinte forma:

mm #1 to #2 verbose true

Observe o resultado:

Observe que você pode executar o comando rmsd #1 to #2 para obter o rmsd, mas, neste caso, ele não funcionará, pois este comando exige que as estruturas tenham a mesma quantidade de átomos.

Selecionando partes de uma proteína

Agora vamos aprender a selecionar partes de uma proteína. Carregue a estrutura 1bga e, em seguida, selecione a cadeia B com o comando select.

Vamos começar selecionando a cadeia B.

select /B

Você pode limpar a seleção usando:

select clear

Agora, selecione novamente a cadeia B e vamos colorí-la de azul. Você pode fazer isso usando o comando:

color sel blue cartoons

Observe o resultado:

Este azul não ficou muito bom, então podemos testar outras variações de cores:

Deletando partes de uma estrutura

Agora vamos apagar a cadeia selecionada anteriormente usando o comando:

delete sel

Você pode especificar exatamente a cadeia que deseja excluir sem precisar selecioná-la, da seguinte forma:

delete #ID/CADEIA

Por exemplo, podemos excluir a cadeia C da seguinte forma:

Carregando a sequência

Podemos exibir a sequência com o comando:

sequence