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Introdução à Programação para Bioinformática com Biopython

Referências bibliográficas

Este conteúdo faz parte do livro “Introdução à Programação para Bioinformática com Biopython“. Você pode adquirir a versão impressa desse livro aqui ou a versão para Kindle aqui. Para nos citar, consulte este link.

Borges, Luis Eduardo. Python para desenvolvedores. 2ª edição. Disponível em: <https://ark4n.files.wordpress.com/2010/01/python_para_desenvolvedores_2ed.pdf>. Acesso em: 26 de agosto de 2015. Rio de Janeiro. Edição do Autor, 2010.

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Downey, Allen; Elkner, Jeff; Meyer, Chris. Aprenda Computação com Python v1.1 documentation – Capítulo 2: Variáveis, expressões e comandos. Disponível em: <http://www3.ifrn.edu.br/~jurandy/fdp/doc/aprenda-python/capitulo_02.html>. Acesso em: 1 de março de 2015.

Hamelryck, T., Manderick, B. (2003) PDB parser and structure class implemented in Python. Bioinformatics, 19, 2308-2310.

Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski, Michiel J. L. de Hoon: “Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics“. Bioinformatics 25 (11), 1422–1423 (2009).doi:10.1093/bioinformatics/btp163,

Rossum, Guido van. The History of Python: Personal History – part 1, CWI. Disponível em: <http://python-history.blogspot.com.br/2009/01/personal-history-part-1-cwi.html>. Acesso em: 1 de março de 2015.

Rumbaugh, James et al. Modelagem e Projetos Baseados em Objetos, Campus, 1994.

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Livro Introdução à Programação para Bioinformática com Biopython

Capítulo 1
Introdução ao Python

Capítulo 2
Comandos condicionais

Capítulo 3
Laços de repetição

Capítulo 4
Trabalhando com strings

Capítulo 5
Listas

Capítulo 6
Manipulando arquivos

Capítulo 7
Funções

Capítulo 8
Princípios da orientação a objetos

Capítulo 9
Introdução ao Biopython

Capítulo 10
Sequências

Capítulo 11
BLAST

Capítulo 12
PDB

Capítulo 13
Visualização de dados em Python

Capítulo 14
Outras coisas interessantes que se pode fazer com Biopython

Capítulo 15
Hierarquia do Biopython

Por favor, nos cite:

MARIANO, D. C. B.; BARROSO, J. R. P. M. ; CORREIA, T. S. ; de MELO-MINARDI, R. C. . Introdução à Programação para Bioinformática com Biopython. 3. ed. North Charleston, SC (EUA): CreateSpace Independent Publishing Platform, 2015. v. 1. 230p .

Por Diego Mariano

Doutor em Bioinformática pela Universidade Federal de Minas Gerais com atuação na área de ciência de dados e aprendizado de máquina aplicados ao aperfeiçoamento de enzimas usadas na produção de biocombustíveis. Mestre em Bioinformática, também pela UFMG, atuando na área de desenvolvimento de sistemas Web para montagem de genomas. Atualmente realiza estágio pós-doutoral no Departamento de Ciência da Computação da UFMG com foco em desenvolvimento de sistemas Web para Bioinformática, análise exploratória e visualização de dados. Tem conhecimentos nas linguagens: PHP, JavaScript, Python, R, Perl, HTML, CSS e SQL.