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Introdução à Programação para Bioinformática com Perl

Hierarquia do BioPerl

Capítulo 13

Este conteúdo faz parte do livro “Introdução à Programação para Bioinformática com Perl“. Você pode adquirir a versão impressa desse livro aqui ou a versão para Kindle aqui. Para nos citar, consulte este link.

O namespace Bio armazena toda a coleção de módulos que BioPerl fornece para lidar com dados biológicos. Assim, analisar sua hierarquia nos dá uma visão geral do que se pode realizar com BioPerl. 

Neste capítulo apresentaremos uma breve descrição dos principais módulos presentes no BioPerl (versão 1.6.1). Esperamos que este capítulo possa servir como guia para leitores que necessitem realizar alguma tarefa específica não citada nos capítulos anteriores.

Bio::Align

Fornece sub-rotinas para alinhamento de sequências.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Align/modules.html>

Bio::AlignIO

Fornece métodos de entrada e saída para alinhamento de sequências.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/AlignIO/modules.html>

Bio::Annotation

Fornece métodos para anotação de sequências.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Annotation/toc.html>

Bio::Assembly

Fornece códigos para montagem de genomas.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Assembly/toc.html>

Bio::Biblio

Fornece códigos para busca de artigos e referências em bancos de dados como o PubMed.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Biblio/toc.html>

Bio::Cluster

Fornece métodos para clusterização de sequências. Verificar também Bio::ClusterIO.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Cluster/toc.html>

Bio::CodonUsage

Fornece códigos para análises de uso de codon.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/CodonUsage/toc.html>

Bio::DB

Fornece interfaces para acessos de diversos bancos de dados, como por exemplo, GenBank e SwissProt.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/DB/modules.html>

Bio::Expression

Fornece métodos para análise de expressão gênica.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Expression/modules.html>

Bio::Matrix

Fornece métodos para construção de matrizes genéricas.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Matrix/toc.html>

Bio::Ontology

Fornece métodos para representação de ontologias.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Ontology/toc.html>

Bio::Phenotype

Permite a representação de fenótipos para determinadas espécies.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Phenotype/toc.html>

Bio::PhyloNetwork

Permite a geração de redes filogenéticas.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/PhyloNetwork/toc.html>

Bio::PopGen

Permite análises de genética populacional.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/PopGen/toc.html>

Bio::Restriction

Fornece métodos para trabalhar com enzimas de restrições.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Restriction/toc.html>

Bio::Search

Permite trabalhar com resultados de BLAST. Verificar também Bio::SearchIO.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Search/toc.html>

Bio::Seq

Fornece métodos para análises de sequências.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Seq/toc.html>

Bio::SeqEvolution

Permite a implementação de mutações pontuais em sequências.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/SeqEvolution/toc.html>

Bio::SeqFeature

Fornece recursos para análises de sequências.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/SeqFeature/toc.html>

Bio::SeqIO

Fornece métodos para leitura e gravação de sequências em diversos formatos, como por exemplo, FASTA, FASTQ, ACE, EMBL e formatos tabulares.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/SeqIO/toc.html>

Bio::Structure

Permite a análise de estruturas de proteínas extraídas do banco de dados PDB.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Structure/toc.html>

Bio::Taxonomy

Permite análises de taxonomia.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/DB/Taxonomy/toc.html>

Bio::Tools

Fornece métodos de execução via wrapper para diversas ferramentas de Bioinformática, dentre elas: Signalp, SeqPattern, EMBOSS, SiRNA, programas para análises filogenéticas (Molphy, Phylip, PAML, Primer e Assessor), Prediction, Sim4, Spidey, EUtilities, ferramentas para análises de proteínas e DNA, HMMER e para alinhamentos.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Tools/toc.html>

Bio::Tree

Permite a construção de árvores, como por exemplo árvores filogenéticas.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Tree/toc.html>

Bio::Variation

Permite análises de mutações.

Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Variation/toc.html>

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Nota do autor
Prefácio

Capítulo 1
Introdução ao Perl

Capítulo 2
Comandos condicionais

Capítulo 3
Strings

Capítulo 4
Arrays

Capítulo 5
Laços de repetição

Capítulo 6
Manipulando arquivos

Capítulo 7
Sub-rotinas

Capítulo 8
“O guia de sobrevivência para expressões regulares em Perl”

Capítulo 9
Introdução ao BioPerl

Capítulo 10
Sequências

Capítulo 11
BLAST

Capítulo 12
Estruturas de proteínas

Capítulo 13
Hierarquia do BioPerl

Epílogo
Referências bibliográficas
Sobre os autores

Por favor, nos cite:

MARIANO, DIEGO CÉSAR BATISTA; de MELO-MINARDI, R. C. . Introdução à Programação para Bioinformática com Perl. 1. ed. North Charleston, SC (EUA): CreateSpace Independent Publishing Platform, 2016. v. 2. 200p .

Por Diego Mariano

Doutor em Bioinformática pela Universidade Federal de Minas Gerais com atuação na área de ciência de dados e aprendizado de máquina aplicados ao aperfeiçoamento de enzimas usadas na produção de biocombustíveis. Mestre em Bioinformática, também pela UFMG, atuando na área de desenvolvimento de sistemas Web para montagem de genomas. Atualmente realiza estágio pós-doutoral no Departamento de Ciência da Computação da UFMG com foco em desenvolvimento de sistemas Web para Bioinformática, análise exploratória e visualização de dados. Tem conhecimentos nas linguagens: PHP, JavaScript, Python, R, Perl, HTML, CSS e SQL.