Este conteúdo faz parte do livro “Introdução à Programação para Bioinformática com Perl“. Você pode adquirir a versão impressa desse livro aqui ou a versão para Kindle aqui. Para nos citar, consulte este link.
O namespace Bio armazena toda a coleção de módulos que BioPerl fornece para lidar com dados biológicos. Assim, analisar sua hierarquia nos dá uma visão geral do que se pode realizar com BioPerl.
Neste capítulo apresentaremos uma breve descrição dos principais módulos presentes no BioPerl (versão 1.6.1). Esperamos que este capítulo possa servir como guia para leitores que necessitem realizar alguma tarefa específica não citada nos capítulos anteriores.
Sumário
- Bio::Align
- Bio::AlignIO
- Bio::Annotation
- Bio::Assembly
- Bio::Biblio
- Bio::Cluster
- Bio::CodonUsage
- Bio::DB
- Bio::Expression
- Bio::Matrix
- Bio::Ontology
- Bio::Phenotype
- Bio::PhyloNetwork
- Bio::PopGen
- Bio::Restriction
- Bio::Search
- Bio::Seq
- Bio::SeqEvolution
- Bio::SeqFeature
- Bio::SeqIO
- Bio::Structure
- Bio::Taxonomy
- Bio::Tools
- Bio::Tree
- Bio::Variation
Bio::Align
Fornece sub-rotinas para alinhamento de sequências.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Align/modules.html>
Bio::AlignIO
Fornece métodos de entrada e saída para alinhamento de sequências.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/AlignIO/modules.html>
Bio::Annotation
Fornece métodos para anotação de sequências.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Annotation/toc.html>
Bio::Assembly
Fornece códigos para montagem de genomas.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Assembly/toc.html>
Bio::Biblio
Fornece códigos para busca de artigos e referências em bancos de dados como o PubMed.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Biblio/toc.html>
Bio::Cluster
Fornece métodos para clusterização de sequências. Verificar também Bio::ClusterIO.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Cluster/toc.html>
Bio::CodonUsage
Fornece códigos para análises de uso de codon.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/CodonUsage/toc.html>
Bio::DB
Fornece interfaces para acessos de diversos bancos de dados, como por exemplo, GenBank e SwissProt.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/DB/modules.html>
Bio::Expression
Fornece métodos para análise de expressão gênica.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Expression/modules.html>
Bio::Matrix
Fornece métodos para construção de matrizes genéricas.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Matrix/toc.html>
Bio::Ontology
Fornece métodos para representação de ontologias.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Ontology/toc.html>
Bio::Phenotype
Permite a representação de fenótipos para determinadas espécies.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Phenotype/toc.html>
Bio::PhyloNetwork
Permite a geração de redes filogenéticas.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/PhyloNetwork/toc.html>
Bio::PopGen
Permite análises de genética populacional.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/PopGen/toc.html>
Bio::Restriction
Fornece métodos para trabalhar com enzimas de restrições.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Restriction/toc.html>
Bio::Search
Permite trabalhar com resultados de BLAST. Verificar também Bio::SearchIO.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Search/toc.html>
Bio::Seq
Fornece métodos para análises de sequências.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Seq/toc.html>
Bio::SeqEvolution
Permite a implementação de mutações pontuais em sequências.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/SeqEvolution/toc.html>
Bio::SeqFeature
Fornece recursos para análises de sequências.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/SeqFeature/toc.html>
Bio::SeqIO
Fornece métodos para leitura e gravação de sequências em diversos formatos, como por exemplo, FASTA, FASTQ, ACE, EMBL e formatos tabulares.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/SeqIO/toc.html>
Bio::Structure
Permite a análise de estruturas de proteínas extraídas do banco de dados PDB.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Structure/toc.html>
Bio::Taxonomy
Permite análises de taxonomia.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/DB/Taxonomy/toc.html>
Bio::Tools
Fornece métodos de execução via wrapper para diversas ferramentas de Bioinformática, dentre elas: Signalp, SeqPattern, EMBOSS, SiRNA, programas para análises filogenéticas (Molphy, Phylip, PAML, Primer e Assessor), Prediction, Sim4, Spidey, EUtilities, ferramentas para análises de proteínas e DNA, HMMER e para alinhamentos.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Tools/toc.html>
Bio::Tree
Permite a construção de árvores, como por exemplo árvores filogenéticas.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Tree/toc.html>
Bio::Variation
Permite análises de mutações.
Documentação: <http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/Bio/Variation/toc.html>
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Capítulo 1
Introdução ao Perl
Capítulo 2
Comandos condicionais
Capítulo 3
Strings
Capítulo 4
Arrays
Capítulo 5
Laços de repetição
Capítulo 6
Manipulando arquivos
Capítulo 7
Sub-rotinas
Capítulo 8
“O guia de sobrevivência para expressões regulares em Perl”
Capítulo 9
Introdução ao BioPerl
Capítulo 10
Sequências
Capítulo 11
BLAST
Capítulo 12
Estruturas de proteínas
Capítulo 13
Hierarquia do BioPerl
Epílogo
Referências bibliográficas
Sobre os autores
Por favor, nos cite:
MARIANO, DIEGO CÉSAR BATISTA; de MELO-MINARDI, R. C. . Introdução à Programação para Bioinformática com Perl. 1. ed. North Charleston, SC (EUA): CreateSpace Independent Publishing Platform, 2016. v. 2. 200p .