usando Python
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Categoria: Bioinformática
Este material faz parte do livro “Python para Bioinformática” (ainda não publicado). Para mais informações, consulte o autor. Expressões regulares são ferramentas poderosas para buscas de padrões em textos. Logo, todo o bioinformata deve conhecê-las. Neste artigo, você irá conhecer os principais metacaracteres e irá aprender a manipular expressões regulares usando Python. Bons estudos! Expressões…
Este material faz parte do livro “Python para Bioinformática” (ainda não publicado). Para mais informações, consulte o autor. Decomposição por valores singulares, do inglês Singular Value Decomposition (SVD) é uma técnica da álgebra linear usada para recuperação de informações, redução dimensional e remoção de ruídos. Nessa técnica, uma matriz A de tamanho MxN é decomposta…
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Baixando arquivos FASTA do NCBI
Caso você precise fazer o download de uma sequência fasta de uma proteína do NCBI, ou seja, você não sabe qual o id do UniProt, use a seguinte URL: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=protein&rettype=fasta&id=WP_010881530.1 Neste caso, o ID corresponde ao RefSeq ID. Observe como implementar isso com Pyhton: Consulte a documentação aqui: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/
