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Introdução à Programação para Bioinformática com Biopython

Nota dos autores

Este conteúdo faz parte do livro “Introdução à Programação para Bioinformática com Biopython“. Você pode adquirir a versão impressa desse livro aqui ou a versão para Kindle aqui. Para nos citar, consulte este link.

Escrever sobre programação é sempre uma tarefa árdua. Dizemos isso porque, em computação, cada pessoa apresenta uma diferente curva de aprendizado, ou seja, cada pessoa reage diferente ao método de ensino. E quando se trata de programação em uma área multidisciplinar, como a Bioinformática, é ainda mais complicado.

Assim, enquanto alguns podem achar certos tópicos desse livro complexos e acreditar que a explicação está abstrata demais, outros podem achá-las extremamente detalhadas e, até mesmo, “entediar-se” com a leitura. Ao escrever este livro tentamos focar o texto para usuários com certo conhecimento em computação, mas pouco ou nenhum conhecimento em programação.

Além disso, ao escrever este livro optamos por adotar uma linguagem coloquial. Pedimos desculpas se em certos pontos lhe parecer exagerada, entretanto garantimos que isso foi feito a fim de buscar uma maior interação com os leitores.

Realizamos testes para todos os scripts apresentados nesta edição nos sistemas operacionais Windows (7), Linux (Ubuntu 14.04) e MacOS X (10.4). Entretanto, como em qualquer livro, falhas estão sujeitas a acontecer. Em nossos testes utilizamos Python v2.7 e o Biopython v1.63. Caso obtenha problemas ao executar qualquer script, procure utilizar essas versões.

Boa leitura!

Este manuscrito foi revisado em setembro de 2020. Os scripts foram testados no Python 3.8 usando Sublime Text instalado em uma máquina com sistema operacional Windows 10.

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Livro Introdução à Programação para Bioinformática com Biopython

Capítulo 1
Introdução ao Python

Capítulo 2
Comandos condicionais

Capítulo 3
Laços de repetição

Capítulo 4
Trabalhando com strings

Capítulo 5
Listas

Capítulo 6
Manipulando arquivos

Capítulo 7
Funções

Capítulo 8
Princípios da orientação a objetos

Capítulo 9
Introdução ao Biopython

Capítulo 10
Sequências

Capítulo 11
BLAST

Capítulo 12
PDB

Capítulo 13
Visualização de dados em Python

Capítulo 14
Outras coisas interessantes que se pode fazer com Biopython

Capítulo 15
Hierarquia do Biopython

Por favor, nos cite:

MARIANO, D. C. B.; BARROSO, J. R. P. M. ; CORREIA, T. S. ; de MELO-MINARDI, R. C. . Introdução à Programação para Bioinformática com Biopython. 3. ed. North Charleston, SC (EUA): CreateSpace Independent Publishing Platform, 2015. v. 1. 230p .

Por Diego Mariano

Doutor em Bioinformática pela Universidade Federal de Minas Gerais com atuação na área de ciência de dados e aprendizado de máquina aplicados ao aperfeiçoamento de enzimas usadas na produção de biocombustíveis. Mestre em Bioinformática, também pela UFMG, atuando na área de desenvolvimento de sistemas Web para montagem de genomas. Atualmente realiza estágio pós-doutoral no Departamento de Ciência da Computação da UFMG com foco em desenvolvimento de sistemas Web para Bioinformática, análise exploratória e visualização de dados. Tem conhecimentos nas linguagens: PHP, JavaScript, Python, R, Perl, HTML, CSS e SQL.