No PyMOL, podemos selecionar os resíduos a até 5 angstroms de um ligante (aqui denominado ach) usando o comando:
sele res byres all within 5 of ach
Saiba mais
Agora, vamos entender em detalhes o que este comando faz:
Para este estudo de caso, baixe a proteína 2ace.
fecth 2ace
Em seguida, selecione o ligante (molécula denominada ACH), depois clique em A > copy to object > new (lembre-se que o clique deve ser no objeto sele). Por fim, no novo objeto, clique em A e depois em rename selection. Renomeie o objeto para ach.
Agora, veja o que acontece se eu rodar o comando:
sele res byres all within 5 of ach
Neste caso, selecionamos todos os átomos a até 5 angstroms do ligante.
Clique em S > sticks, para exibir a seleção como sticks.
Opcionalmente, você pode usar o comando:
show sticks, byres all within 5 of ach
